Una delle tecniche più efficaci a disposizione dell'Agronomo è l'endoterapia, che consiste nell’introdurre direttamente nel tronco, mediante iniezioni, delle sostanze antiparassitarie autorizzate che, attraverso il sistema vascolare linfatico, si distribuiscono in breve tempo in tutto l’albero. Il trattamento è localizzato sulla singola pianta, quindi risulta meno aggressivo a livello ambientale rispetto a metodi di disinfestazione tradizionale. Può essere preventiva, curativa, ricostituente.

I vantaggi sono molteplici:

• ecologica: non c'è dispersione di prodotto in ambiente, quindi non esistono limiti al trattamento;
• efficace: è uno dei trattamenti a più alta percentuale di successo;
  
• economica: il costo è inferiore a un trattamento a tutta chioma, ne è sufficiente uno a stagione.
  

L'endoterapia eccelle nella prevenzione dei danni da processionaria del pino e della quercia. Altri parassiti che è possibile controllare con successo sono la minatrice dell'ippocastano, afidi e acari del tiglio, fillossera e nidularia del leccio, cocciniglia del pino marittimo, tingide del platano, galerucella e cimice dell'olmo, tarlo asiatico.